拿破仑于5月20日从土伦启航。法国探险队使用了几个港口以及土伦，包括马赛，热那亚，奇维塔韦基亚和科西嘉岛的港口，使得保密程度更加令人印象深刻。直到他们在海上时，士兵们才被告知他们的目的地，马穆鲁克人相信他们可以击退这次外国入侵。

马耳他于6月9日到达。按照传统，中立国只允许任何交战舰队的两艘船在任何时候使用它们的港口。拿破仑派遣一名使者前往圣约翰骑士团团长德·侯赛克大师，要求允许他的舰队进入瓦莱塔港以补充他们的物资。简要地展示了一些骨干，坚持两船限制。拿破仑回答他会采取武力所需要的东西，此时德霍普麦斯失去了他的支柱，撤退到他的宫殿。

他主持的命令，圣约翰骑士团，有成功抵抗攻击的悠久历史，但秩序是其前身的影子。一群法国骑士在该命令中担任第三纵队，通过拒绝与其同胞作战来破坏其抵抗。即便如此，当本土马耳他人叛逆时，剩下的骑士可能会提供抵抗。面对内外的敌人，圣约翰骑士团于6月12日投降，仅在法国抵达后三天投降。

拿破仑在马耳他度过了一个星期，在那里他展示了他性格的两面。积极的一面可以从他发起的一系列改革中看出来。岛上的所有宗教团体，包括圣约翰骑士团都被废除。税制改革，医院现代化。另一方面，马耳他将在接下来的两年里接受法国军事统治，而当拿破仑航行时，他带走了骑士的大部分宝藏，包括他们的图书馆。这种改革，军事统治和掠夺的组合是拿破仑的典型特征。

这次航行的下一站与尼尔森舰队近距离接触。6月22日至23日夜间，法国军官听到了英国舰队的枪支信号。拿破仑拒绝相信任何重要的英国舰队都可能在地中海，没有警报，车队在夜间通过。最后，在7月1日早晨，在尼尔森沮丧地向北航行之后，法国舰队抵达埃及海岸。

现在时间紧迫。尼尔森现在已知在该地区，尼罗河洪水将于8月到期。拿破仑以一场有计划的赌博开始他的竞选活动。虽然他的一些指挥官建议法国舰队驶向尼罗河的罗塞塔口，但拿破仑决定在靠近亚历山大港的地方登陆人，抓住港口并将其余部队降落在那里。对于更坚定的对手或更好的防守，这将是一个冒险的选择，但亚历山大的防御是破旧的，并且驻军很小。7月2日，亚历山大在法国人手中，拿破仑能够降落其余部队。

这主要是因为他们对落在他们海岸上的法国军队，军事潜力一无所知（其他更明智的指挥官已经对拿破仑犯了同样的错误）。这也是由于他们对自己的军事能力充满信心。穆拉德贝伊对法国入侵的第一反应是采取他最好的骑兵部队来击退入侵者。在拿破仑组建步兵进入广场之后，这支部队在舒布拉克被击败。

即使有效的马穆鲁克抵抗，前往开罗的游行也很艰苦。在尼罗河洪水之前，埃及处于最干旱的状态。贝都因人袭击切断了法国的散兵游勇，在许多指挥官的统治下，法国军队可能在高温下解体。法国在金字塔战役中的胜利（年7月21日）确保了拿破仑计划第一阶段的明显成功。在金字塔的视线范围内，在开罗的尼罗河对岸，战斗中看到马穆鲁克骑兵冲向法国步兵广场，并且排在第二位。只有30名法国人被杀，另有人受伤。马穆鲁克的损失难以估计，但可能高达3,。

这场战斗的后果是拿破仑掌控着开罗和大部分下埃及。一瞬间，一切都在计划中。在拿破仑真正安定下来享受征服的成果之前，新闻从海岸传到了他。8月1日，纳尔逊海军上将终于找到了法国舰队，在阿布基尔湾停泊，并将其摧毁。

尼尔森的追逐已经开始严重。5月20日，他的旗舰前卫号战列舰在暴风雨中被摧毁，几乎搁浅了。尼尔森的决心在拯救这艘船方面发挥了至关重要的作用，但是他的护卫队长确信尼尔森将被迫返回直布罗陀进行修理，因此他们自己返回那里，让尼尔森没有护卫舰直到战斗之后。尼罗河。

失去他的护卫舰严重削弱了尼尔森的舰队。护卫舰是舰队的目光，能够超越该线的主要船只，增加了能见面积，护卫舰可以在主要舰队的能见度范围内航行，使可见的海面数量增加一倍以上任何一次。如果没有它们，尼尔森只能看到舰队最高桅杆的视野。由于不了解法国的目的地，尼尔森实际上希望在旅行期间有机会乘坐他们的舰队。当一个人考虑到他的工作有多么艰难时，或许可信的是他和他一样接近。

如上所述，在6月22日至23日夜间，当尼尔森的快速舰队超过了缓慢的法国运输时，这两支舰队似乎已经相互听到了。6月29日，尼尔森到达亚历山大，在那里他没有发现法国人的消息。他现在担心的是，法国实际上已经向更西边的某个地方前进，现在他们可以在没有英国干涉的情况下自由行动。因此，他航行，希望找到他们实际去过的地方的法国人。他最多错过了拿破仑两天，但是在他回到亚历山大港并最终找到了法国舰队之前，他需要花费一个月的时间。

与此同时，尼尔森的舰队搜查了地中海东部，沿克里特岛南部海岸航行，返回锡拉丘兹。到目前为止，拿破仑已经接近开罗了。在锡拉丘兹，很明显法国确实在东边的某个地方。尼尔森再次向东开始，这次是前往希腊。最后，7月29日，尼尔森终于收到了法国人的可靠消息，并且第二次能够完全启航并前往亚历山大港。

这次他没有失望。8月1日，英国舰队抵达亚历山大港，在那里他们发现了法国的运输工具。他们还发现了法国战舰的消息，可能是他们的帆从纳尔逊的一艘战舰的标头上发现的。他们的位置和数量得到了亚历山大港私人船只信号的证实。

在长期搜索期间，尼尔森和他的船长讨论了每一个可能的法国部署，尼尔森已经阐述了他们处理每个部署的计划。因此，当第一艘英国船只绕过阿布基尔点的头部并首先看到法国人如何停泊时，他们立即知道他们必须攻击法国货车和中心，而忽略法国后方。船长在歌利亚看到他实际上可以在法国船只和海岸线之间航行，并带领部分英国舰队进入那个空隙。法国舰队的前部和中部现在夹在两排英国船只之间。法国后方从未采取行动。尼罗河之战是有史以来最令人沮丧的海军胜利之一，没有英国船只丢失，而13艘法国船只中只有两艘逃脱，拿破仑现在与法国隔绝了。

他的舰队遭到破坏，极大地限制了拿破仑的选择。当英国人控制地中海时，没有任何增援部队可以预期，如果没有增援部队，必须放弃法国对东部的宏伟计划。尼尔森很清楚这一点，他在战斗结束后的第一个行动之一是确保新闻被发送到印度。随着对印度的威胁消失，大部分战略意义都来自埃及企业。拿破仑告诉他的将军们，他们必须建立一个帝国，但实际上他的远征，以如此巨大的期望发起，现在是一个副作用。

尽管他们在金字塔战役中失败，但马穆鲁克人并没有被摧毁。易卜拉欣贝伊逃到了巴勒斯坦，而穆拉德贝伊下的一支更大的军队撤退到了上埃及。根据你的观点，在接下来的十个月里，这支部队成功地躲避了德塞将军下的一支法国部队，将其固定在上埃及，或者德塞将军设法让一支更大的穆卢克军队继续进行几个月，阻止它威胁法国对下埃及的占领。第一种观点更有说服力。法国人被迫分裂他们的部队以对抗穆拉德，上埃及的大部分地区仍在其有效控制范围之外，而下埃及的粮食供应中断。

最终在年10月，在开罗爆发了几次暴力事件。这些第一次骚乱被迅速但暴力地放下。经过两天的街头斗殴，大约0名埃及人被杀。法国人在金字塔战役中损失了人，损失了10倍。显然，持有埃及将比征服埃及更加困难。由于增援部队因其舰队遭到破坏而被剥夺，法国人无法承受如此数量的人员伤亡。

在纳尔逊在尼罗河战役（8月1日）摧毁法国舰队之后，奥斯曼帝国接受法国征服的任何真正机会都将结束。英国在伊斯坦布尔的外交现在能够引导帝国走向彻底的反对，年9月9日，奥斯曼帝国向法国宣战（年初，俄罗斯加入了英国和土耳其，形成了第二联盟。拿破仑现在不得不面对真实的陆地和海上入侵的危险。两名奥斯曼军队将参与入侵。大马士革军队将穿越叙利亚和巴勒斯坦，攻击埃及穿越西奈山。另一支将在罗得岛上组建的军队将与保护免受尼罗河附近的皇家海军的袭击。法国人将被包围并且数量超过人数。

拿破仑的回应是对巴勒斯坦和叙利亚发动先发制人的攻击。他聚集了一支13,人的野战军，于年2月6日开始向东进军。这不是拿破仑的闪电游行之一，取得了胜利。艾利什的奥斯曼帝国驻军抵抗了11天，比3月3日至3月7日举行的雅法的0名强大驻军表现更好。他们的投降之后发生了一场比较可耻的战争事件。由于雅法的一些驻军已被假释释放，他们的言论不是为了对抗法国人，而且法国既没有食物也没有空余的人来守护囚犯，拿破仑已经处决了0名囚犯。